Hvad kan DNA-studier af gamle kirkegårde vise?

En af Danmarks tidligste kristne kirkegårde er Kongemarken ved Roskilde, der er fra ca. år 1000-1250. De tidlige skandinaviske kristne kirkegårde er kønsopdelte: Kvinder ligger begravet i den nordlige side, mænd i den sydlige. Der var dog undtagelser: I de få tidlige kristne kirkegårde, der er udgravet i Skandinavien, er der altid et par mænd, der er blevet placeret i den nordlige side, og nogle kvinder i sydsiden. På Kongemarken blev flere mænd med sidestillede kvinder fundet på nordsiden af kirkegården. Forskere fra Eske Willerslev's gruppe ekstraherede mitokondrie-DNA fra ni personer, der var blevet udgravet i to forskellige områder inden for kirkegården. Der blev fundet en overraskende mangfoldighed af mitokondrie-haplogrupper: H, I, J, T, T2 og U7. Selv de tre med haplogruppe H var af forskellige undertyper. Dette indikerer, at ingen af personerne inden for hvert område var beslægtet på mødrene side. Den observerede haplogruppe U7 er almindelig i Indien og hos stammer fra det vestlige Sibirien, men ikke fundet i etniske skandinaver. Haplogruppe I er sjælden (2%) i Skandinavien. Disse observationer tyder på, at de personer, der boede i Roskilde-området omkring år 1000, ikke alle var medlemmer af en tæt sammentømret lokalbefolkning, og at der var personer med genetiske forbindelser til befolkningsgrupper, som geografisk var fra steder meget langt væk (ref.9535).

Hvad er arkæogenomics?

Arkæologiske DNA-studier kan på engelsk kaldes "archaeogenomics". I bred forstand betyder det, at man anvender DNA til at få viden om menneskets fortid. Tilsvarende kan DNA-baserede studier om fortiden ud over menneskets fortid kaldes "palaeogenomics".

Hvad er historisk retsmedicin?

Undertiden kan fortolkningen af arkæologisk DNA forbedres ved at inddrage DNA fra nulevende. Det skete ved identifikationen af skeletterne af den russiske zarfamilie, Nikolaj II og zarinaen Alexandra samt deres fem børn, Olga, Tatjana, Maria, Anastasia og Aleksej, der alle blev myrdet af bolsjevikkerne d. 16. juli 1918. De blev dræbt efter i tre måneder – sammen med familiens læge og tre fra staben – at være holdt fanget i Ipatiev- huset i Jekaterinburg (Sverdlovsk i Sovjettiden). Dermed sluttede Romanov- slægtens næsten 300-årige herredømme over det russiske rige. Der hvor Ipatiev-bygningen stod, er der nu en katedral, Blodskirken. I 1979 fandt man graven i en skov ca. 30 km uden for Jekaterinburg. Den indeholdt skeletter af fem kvinder og fire mænd. I 1994 analyseredes skeletterne for de dele af mitokondrie-DNA, der har særligt hyppige mutationer. Man sammenlignede med DNA fra levende slægtninge af samme kvindelinie til de afdøde (mitokondrier nedarves udelukkende fra moder til børn). Zarinaen var barnebarn af den engelske dronning Victoria. For zaren undersøgtes to slægtninge, der i kvindelinier var efterkommere af zarens mormor (den danske dronning Louise af Hesse-Cassel, der var gift med Christian IX). Man fandt det forventede mitokondrie- DNA hos zarinaen og de tre børn i graven. Zaren havde to forskellige DNA-baser på position 16169 (30 % af hans mitokondrie-DNA havde en T-base her og 70 % havde basen C). Zaren havde altså to forskellige populationer af mitokondrier, idet der var sket en mutation i et mitokondrie. Mutationen kan være opstået i dronning Dagmar (zarens mor), og endt op i hendes ægceller – eller denne heteroplasmi kan have været i zarens mors kvindelinie i nogle få generationer. Heteroplasmien blev ikke genfundet hos den nulevende slægtning til Dagmar. Den var blevet til en homoplasmi (for T) i position 16169 hos denne person. Dagmar var datter af den danske konge Christian IX og dronning Louise. I Rusland, hvor hun nu er begravet, hed hun zarina Maria Feodorovna. Mitokondrier deler sig selv, og viderefører altså mutationen. Efter få menneskegenerationer vil alle celler i kroppen dog hurtigt igen have kun én type mitokondrie-DNA i alle celler – en tilstand, der benævnes homoplasmi. Men indtil da vil der altså optræde to populationer af mitokondrie-DNA hos samme person (heteroplasmi). Skelettet af zarens bror, Georgij Romanov, som var død af tuberkulose i 1899, viste også heteroplasmi i position 16169. I 1920 påstod en Anna Anderson, der var bosat i USA, at hun var Anastasia. Anastasias skelet var nemlig ikke blevet fundet i graven. Mange personer har i tidens løb påstået det samme, men denne Anna Anderson hævdede dette særlig ihærdigt livet igennem. Hun døde i 1984 og blev kremeret, og da hendes lig altså blev brændt kunne man ikke skaffe DNA fra hende, men i 1970 var hun blevet opereret på et hospital i Charlottesville, Virginia. 24 år efter hendes død, i 1994, lavede man en DNA-profilanalyse på væv, som var fjernet ved operationen. Hun var hverken beslægtet med zaren eller zarinaen.

I juli 2007 blev der fundet en ny grav ved Jekaterinburg med brændte knogler fra to individer. På grund af teknologiske fremskridt kunne man undersøge det komplette genom af mitokondrie-DNA'et fra hvert individ samt dele af kerne-DNA’et. Man undersøgte også 1991-graven og zarens kvindelinie blev repræsenteret ved en nulevende slægtning til hans mor. En mandlig linie blev repræsenteret ved mandlige efterkommere af zar Nikolaj I, der var Nikolaj II’s oldefar. Det blev påvist, at knoglerne fra 2007-graven repræsenterede førstegradsslægtninge til medlemmer af 1991-graven. Ingen af Romanov-familien overlevede altså massakren i 1918.

Zaren havde overlevet et attentat i 1891 i forbindelse med et besøg i Japan. Hans blodplettede skjorte opbevares i dag på Hermitage museet i St. Petersborg. DNA fra blodpletterne havde samme sjældne Dagmar-type mtDNA, som i zar-knoglen, og heteroplasmien i position 16169 blev også fundet i blodpletterne. Analyse af Ykromosomet og DNA-markører fra andre kromosomer gav perfekt match mellem blodpletterne og zar-knoglen.

Hvor mange kromosomer har mennesket?

Langt det meste af vores arvemasse (genomet) findes i cellekernens kromosomer. Cellekerne-genomet kaldes det nukleære genom. I menneskets celler er der 23 par kromosomer, altså i alt 46 kromosomer. Da ét par er X og Y (de to forskellige kønskromosomer) består menneskets kernegenom af 24 forskellige, lineære DNA-molekyler, der tilsammen er opbygget af 3,2 milliarder baser.

Hvor mange forskellige liniære DNA-molekyler har mennesket?

Da ét par af menneskets kromosompar er X og Y (de to forskellige kønskromosomer) består menneskets kernegenom af 24 forskellige, lineære DNA-molekyler, der tilsammen er opbygget af 3,2 milliarder baser. Langt det meste af vores arvemasse (genomet) findes i cellekernens kromosomer. Cellekerne-genomet kaldes det nukleære genom. I menneskets celler er der 23 par kromosomer, altså i alt 46 kromosomer.

Hvor mange DNA-baser har menneskets genom?

Det humane genom er opbygget af 3,2 milliarder baser. Langt det meste af vores arvemasse (genomet) findes i cellekernens kromosomer, og cellekerne-genomet kaldes også "det nukleære genom". I menneskets celler er der 23 par kromosomer, altså i alt 46 kromosomer. Da ét par er X og Y (de to forskellige kønskromosomer) består menneskets kernegenom af 24 forskellige, lineære DNA-molekyler, der tilsammen er opbygget af 3,2 milliarder baser.

Hvad er en moa?

Moa-fugleslægten omfattede 9 arter af store planteædende skovfugle på 15- 250 kg. De levede over det meste af New Zealand, men uddøde 200 år efter polynesiernes ankomst sidst i 1200- tallet. (Den ældste menneske-boplads på New Zealand er Wairau Bar, som er dateret til år 1290).

Hvad er et allel?

Et gen eller en bestemt DNA-sekvens kan hos forskellige individer optræder lidt forskelligt, og man taler da om forskellige "alleler". Et gen kan f.eks. have 5 eller 10 forskellige alleler. Diploide organismer (med en far og en mor) har ofte arvet to forskellige alleler af et gen.

Hvad er allel-tab?

Ved DNA-opformering er “allel-tab” (“allelic dropout”) en bekymring for forskerne. Hvis DNA kun findes i lavt kopiantal, vil den tilfældige fordeling af DNA i de første opformeringscyklusser i PCR-reaktionen let forårsage, at en af de to alleler “oversvømmer” PCR-reaktionen, og helt undertrykker opformeringen af den anden allel. Resultatet vil være, at den genetiske profil ligner en homozygot, uanset den oprindelige genotype er heterozygot. Omfanget af allel-tab kan variere betydeligt fra prøve til prøve, samt mellem forskellige primere og mellem alleler for samme mikrosatellit-markør. Problemets omfang på afgøres fra sag til sag. Man bestemmer, hvor mange PCR-opformeringer, det er nødvendigt at lave, for at genotypen kan vurderes med sikkerhed. Det kaldes mange-rørs-metode (“multiple tubes approach”).

Hvad er mikrosatelliter?

Mikrosatellitter er korte DNAsekvenser, der består af rækker af gentagelser af typisk 2-4 basepar (Short Tandem Repeats, STR). Det kan f.eks være AATGAATGAATGAATG. Ofte er der mellem 5 og 25 gentagelsesgange. Mikrosatellitter forekommer både i og mellem generne. De bruges som markører for kromosomregioner eller gener. De påvises med PCR-teknik og bruges til at studere evolution, kortlægge gener, påvise genetiske sygdomme og ved retsgenetiske og antropologiske undersøgelser. Mikrosatellit- metoden bliver sjældent brugt på materiale, som er mere end et par årtier gammelt, fordi denne teknologi kan være problematisk, når den anvendes, hvor der kun er lidt DNA-materiale til stede (såkaldt LCNDNA, dvs. lavt kopiantal DNA).

Hvad er "nuDNA"?

Det er cellekerne-DNA (nukleært DNA).

Hvad viser DNA-studier af Moa-kæmpefuglene?

For ca. 500 år siden uddøde alle de usædvanlige og kæmpestore moa-arter i New Zealand. Moa'erne mindede om strudse, men manglede helt vinger. Der var forskellige arter (mindst 9 arter), og individerne af Dinornis-arter af moa-gruppen var mest spektakulære. De adskilte sig markant i størrelse. Der kunne være 1-2 m højdeforskel og vægten varierede fra 34 til 242 kg. Det førte til, at man troede at der var flere arter end der var. Studier af mitokondrie-DNAsekvenser viste imidlertid, at der kun var en Dinornis-art på Nordøen, og en anden Dinornis-art på sydøen. Desuden fandt man overraskende ud af, at en “lille art” (som man havde kaldt Dinornis struthoides) faktisk blot var hannerne af de to nævnte arter. Det lykkedes nemlig en forskergruppe, hvori Eske Willerslev deltog, at påvise cellekerne-DNA-sekvenser, som viser kønnet på individerne. Man kunne dermed kønsbestemme de fossile knogler. Kønsbestemmelse ved DNA havde man aldrig tidligere kunnet gøre på fossile knogler. (Det har vist sig, at cellekerne-DNA fra moa, såsom kønsbestemmelses-markører og mikrosatellit-DNA, kan opformeres med stor succesrate). Dette viste, at man var kommet til at navngive hanner og hunner som forskellige arter, fordi størrelsesforskellen på kønnene var enorm og usædvanlig (oftest er hanner størst). De største hunner var omkring 280% tungere end hannen og 150% højere end hannen. Dette er uden fortilfælde blandt fugle og terrestriske pattedyr. Desuden var der enorme forskelle på størrelsen afhængig af levestedet. Vægten af hunlige Dinornis fra sydog nordøen varierede fra 76 til 242 kg. På steder med tæt vegetation og stor nedbør blev fuglene mindre (ref.9774). Sidst i 2011 publicerede Eske Willerslevs afdeling for første gang et sæt mikrosatellit-markører, der var udviklet udelukkende for en uddød gruppe af organismer (ref.9531). I denne undersøgelse publiceredes for første gang et sæt mikrosatellit-markører, der var udviklet specielt og udelukkende for at bruges til at studere en uddød gruppe af organismer (ref.9531). Eske Willerslev indgik i det internationale team, som anført af Richard Holdaway, Mike Bunce og Morten Allentoft udførte et genetisk studie af de uddøde moakæmpefugle. (Morten Allentoft var dengang PhD-studerende i New Zealand, og er nu PostDoc i Eskes Willerslevs gruppe). Men det er lykkedes at lave primere for mikrosatellitmarkører (Se: "Hvad er mikrosatelliter?"), rettet mod studier af de uddøde moa-fugle (Aves: Dinornithiformes). Man kan dermed gøre sig fri af afhængigheden af mitokondrie- DNA ved studier af gammelt DNA. Denne uddøde fuglegruppe har dermed fået en metode, som svarer til SNiP-teknologien (enkelt nukleotid polymorfi (SNP; s="single") ). DNA-markørerne fandt man i moaknogler og moa-æggeskaller. 6 polymorfe DNA-områder (loci) anvendtes til at vurdere den genetiske diversitet (forskellige fra individ til individ). Langt flere end de 6 udvalgte markører blev forsøgt anvendt, men blev opgivet, f.eks. hvis de ikke var specifikke nok. Mikrosatellit-datasættet repræsenterede fossiler, der var 600 – 5000 år gamle. Eftersom mikrosatellitter har en høj mutationshastighed og nedarves fra begge forældre, kan de give mere detaljerede populationsgenetiske oplysninger end mitokondrie-DNA (mtDNA), der kun arves af moderen. Proceduren for fastlæggelse af mikrosatellitter er veletableret, så udfordringen er at identificere tilstrækkeligt mange loci, som er polymorfe og informative. Ofte er datakvaliteten dog problematisk. Mikrosatellit-DNA er cellekerne-DNA, og kerne-DNA finder man meget sjældnere end mitokondrie- DNA, og det kræver omhyggelige indsamlingsmetoder.

Man har fundet knogler, ekskrementer, fjer og æggeskaller af moa-fugle. Analyser af gammelt DNA fra hundredvis af moa-individer, fundet nær hinanden såvel geografisk som tidsmæssigt, kan afdække populationsdynamiske forhold næsten svarende til forskning på nulevende populationer.

Moa-studiet krævede 4 succesfulde PCR-resultater (og det kunne være nødvendigt at udføre en PCR-analyse 6-10 gange for at opnå dette). Hvis man – som man ellers normalt gør – kun havde testet markøren i én PCR-analyse, ville man have troet, at 53% af de heterozygote gener var homozygote (idet man så kun havde fundet én allel-type i disse tilfælde). Man konstaterede allel-tab i halvdelen af 900 PCR-analyser. Allel-tabet varierede fra 36% til 70% fra markør til markør. Årsagen er det lave antal skabeloner (templates), som er typisk for gammelt DNA. I nogle tilfælde gik især de længere alleler tabt. De forskellige loci kunne have 5 – 17 forskellige alleler. Allel-tabet kunne konstateres, hvis begge alleler blev fundet, når man lavede mange analyser: Et heterozygot individ, der i analyserne var AA, BB, BB og AB i 4 forskellige PCR-analyser, havde 75% allel-tab (da kun hver 4. analyse (25%) fremviste begge alleler, altså AB). Et heterozygot individ, der var AB og igen AB i to PCR-analyser havde intet allel-tab (0% allel-tab). Man screenede DNA fra 88 fund af sydøens kæmpemoa (Dinornis robustus). Der blev udarbejdet retningslinier for at undgå fejl (i form af færre heterozygote individer i forhold til det forventede ifølge Hardy-Weinberg lovens forholdstal for populationsgenetik). De seks anvendte markørers sandsynlige position på kromosomerne af moafuglen forsøgte man at vurdere ved at sammenligne med de to total-kortlagte fugle-genomer: Hønse-genomet (Gallus gallus) og zebrafinke-genomet (Taeniopygia guttata). Disse genomer kan ses på Internettet (www.blast.ncbi. nlm.nih.gov/Blast.cgi). Høns og zebrafinker er evolutionsmæssigt adskilt fra moa-fuglene med over 100 mill. år. Det forklarer, hvorfor sammenligningen ikke gav noget resultat. Et enkelt sekvensområde havde dog over 80% identitet med en sekvens på 83 basepar på kromosom- 1 hos zebrafinken samt 96% identitet med en sekvens på 26 basepar på kromosom- 1 hos høns: Formentlig fand- )tes denne markør derfor på kromosom 1 hos moa-fugle. Når man engang bliver færdig med at opbygge genombiblioteket for ratite-fugle (ikke-flyvende fugle som strudse, kiwier mv.), bliver det lettere at lave sammenligninger. Genetikere har studeret museumseksemplarer af udstoppede dyr mv. for at se, om der er sket et tab af genetisk biodiversitet på følge af de seneste årtiers miljøforandringer. Sådanne undersøgelser vil altså kunne udføres på langt ældre materiale. For at finde de 6 brugbare mikrosatellit- primere måtte man analysere over 600.000 sekvenser, hvorved man fandt 1800 STR-sekvenser og endte med at teste 89 primere. Kun 6 var egnede. De fleste æggeskaller har bevaret DNA-materialet bedre end knoglerne. Æggeskallerne har været bedre beskyttet mod bakterier. En æggeskal af Anomalopteryx leverede 4 af de 6 mikrosatellit- primere. De 6 primere, som blev brugt til DNA-studiet af kæmpemoa Dinornis robustus, stammede fra tre andre moa-slægter. De 6 primere kan derfor også bruges til analyser af andre moa-slægter, og kunne anvendes på moa-slægterne Emeus og Pachyornis.

Isoleringen af moa-DNA'et skete på følgende måde: Analyserne startede med, at man nedbrød proteiner (med enzymet “proteinase K”) i prøver med 200 mg knoglepulver. Derefter udtrak man DNA (ved en ultra-filtrering) og fjernede PCR-hæmmere (ved en siliciumoxid-rensningsmetode). Portioner af 1/1000 milliliter DNA blev opformeret ved 50 cyklusser af PCR-metoden. Afhængigt af den anvendte primer brugtes forskellige temperaturer for det trin, hvor DNA-strengene samles (annealing). Analyserne udførtes på 88 individer af moafugle: Man brugte 88 venstre-tibiotarsi-knogler (en sammenvokset skinneben/fod-knogle hos fugle). For at undgå kryds-forurening (ved at komme til at flytte DNA fra et individ over til prøven fra et andet individ) lod man være med at bruge den ellers almindelige teknik med multi-pipettering under opsætning af PCR-analyserne. Hvert rør med DNA blev åbnet for sig og pipetteret enkeltvis over i hvert PCRrør. Man benyttede ikke de velkendte plader med 96-brønde, som giver øget risiko for kryds-forurening. Derved undgik man kryds-forurening helt.

Eftersom mikrosatellitter har en høj mutationshastighed og nedarves fra begge forældre, kan de give mere de-taljerede populationsgenetiske oplys-ninger end mitokondrie-DNA (mtDNA), som kun nedarves fra moderen.

Proceduren for fastlæggelse af mikro-satellitter fra gammelt DNA er vel-etableret, så hvis datakvaliteten er ok, er udfordringen at identificere tilstrækkeligt mange loci, som er polymorfe og informative, hvilket kun et spørgsmål om at have tid og ressourcer nok til at identificere, designe og gennemgå tilstrækkeligt mange primere.

Men ofte er netop datakvaliteten problematisk. Mikrosatellit-DNA er cellekerne-DNA, og det finder man derfor meget sjældnere end mitokon-drie-DNA. For at kunne bruge mikrosatellitter som markører, kræves derfor en langt mere omhyggelige metoder for at sikre data-pålideligheden.

Diploide organismer (med en far og en mor) har ofte arvet to forskellige alleler af et gen. Den største bekymring ved DNA-opformering er derfor “allel-tab” (“allelic dropout”). Hvis DNA kun findes i lavt kopiantal, vil den tilfældige fordeling af DNA i de første op-formeringscyklusser i PCR-reaktionen let kunne forårsage, at en af de to alleler “oversvømmer” PCR-reaktionen, og helt undertrykker opformeringen af den anden allel. Resultatet vil være en fejlslagen PCR-reaktion, hvor den genetiske profil ligner en homozygot, uanset den oprindelige genotype. Allel-tab er velkendt i PCR-reaktioner på DNA fra bl.a. fæces, hår, fjer og tand.

Omfanget af allel-tabet kan variere betydeligt fra prøve til prøve, samt mellem forskellige primere og mellem alleler for samme mikrosatellit-markør, så det er nødvendigt at fastslå problemets omfang fra sag til sag.

Vigtigst i denne sammenhæng er det at bestemme, hvor mange selv-stændige PCR-opformeringer, det er nødvendigt at lave, for at genotypen af det tilsyneladende homozygote individ kan vurderes med sikkerhed. Dette er kendt som ‘de mange rørs metode (“multiple tubes approach”). Moa-studiet krævede 4 succesfulde PCR-resultater (og det kunne være nødvendigt at udføre en PCR-analyse 6-10 gange for at opnå dette). Hvis man – som man ellers normalt gør – kun havde testet markøren i én PCR-analyse, ville man fejlagtigt have troet, at 53% af de heterozygote gener var homozygote (idet man så kun havde fundet én allel-type i disse tilfælde).

Man konstaterede allel-tab i halvdelen af 900 PCR-analyser. Allel-tabet varierede fra 36% til 70% fra markør til markør. I nogle tilfælde gik især længere alleler tabt. Ved test af 75 individer ville man i 5 individer finde en (falsk) homozygot for en af de 6 loci. De nævnte 6 loci var i øvrigt polymorfe: Hver med 5 – 17 forskellige alleler.

Man undersøgte for de 6 markører i 1500 PCR-reaktioner. Allel-tabet kunne konstateres, hvis begge alleler blev fundet, når man lavede mange analyser: Et heterozygot individ, der i analyserne var AA, BB, BB og AB i 4 forskellige PCR-analyser, havde 75% allel-tab (da kun hver 4. analyse (25%) fremviste begge alleler, altså AB).

Et heterozygot individ, der var AB og igen AB i to PCR-analyser havde intet allel-tab (0% allel-tab).

Man screenede DNA fra 88 fund af sydøens kæmpe-moa (Dinornis robustus) fra fossilsteder i North Canterbury for at karakterisere allel-tabet for hver markør. Der blev udarbejdet retningslinier for at undgå fejl (i form af færre heterozygote individer i forhold til det forventede ifølge Hardy-Weinberg lovens forholdstal for populationsgenetik).

Langt flere end de 6 markører blev forsøgt anvendt, men opgivet (f.eks. hvis de ikke var specifikke nok). De seks anvendte markørers sandsynlige position på kromosomerne af moa-fuglen forsøgte man at vurdere ved at sammenligne med de to total-kort-lagte fuglegenomer: Hønse-genomet (Gallus gallus) og zebrafinke-genomet (Taeniopygia guttata). Disse genomer kan ses på Internettet (www.blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi).

Disse fugle er dog evolutionsmæssigt adskilt med over 100 mill. år fra moa-fuglene, hvilket forklarer, hvorfor sammenligningen ikke gav noget resultat – bortset fra, at et sekvensområde havde over 80% identitet med en sekvens på 83 basepar på kromosom-1 hos zebrafinken og 96% identitet med en sekvens på 26 basepar på kromosom-1 hos høns: Formentlig fandtes markøren på kromosom 1 hos moa.

Når man er færdig med at opbygge genombiblioteket for ratite-fugle (ikke-flyvende fugle som strudse, kiwier mv.), bliver det lettere at lave sammenligninger med fund hos de beslægtede, uddøde moa-fugle.

De 6 mikrosatellit-primere, som blev brugt til DNA-studiet af kæmpe-moa Dinornis robustus, var primere, som stammede fra tre andre moa-slægter. De 6 primere kan derfor formentlig bruges til analyser af andre moa-slægter også. (Det blev bekræftet, da man anvendte primerne på moa-slægterne: Euryapteryx, Emeus og Pachyornis).

Analyserne startede med, at man nedbrød proteiner (med enzymet “proteinase K”) i prøver med 200 mg knoglepulver. Derefter udtrak man DNA (ved ultra-filtrering) og fjernede PCR-hæmmere (ved siliciumoxid-rensningsmetode).

Portioner af kun 1/1000 milliliter DNA blev opformeret ved 50 cyklusser af PCR-metoden. Afhængigt af den anvendte primer brugtes forskellige temperaturer for det trin, hvor DNA-strengene samles (annealing).

Analyserne udførtes på 88 individer af moa-fugle: Man brugte 88 venstre-tibiotarsi-knogler (en sammenvokset skinneben/fod-knogle hos fugle).

Genetikere har studeret museums-eksemplarer af udstoppede dyr mv. for at se, om der er sket et tab af genetisk biodiversitet på følge af de seneste årtiers miljøforandringer. Dette studie viser, at undersøgelser også vil kunne udføres på langt ældre materiale.

Det kræver dog et omfattende forarbejde. For at finde de 6 brugbare mi-krosatellit-primere måtte man analy-sere over 600.000 sekvenser, hvorved man fandt 1800 STR-sekvenser og endte med at teste 89 primere, men kun 6 viste sig egnede.

De fleste æggeskaller har bedre bevaret DNA-materiale end knoglerne. Det skyldes måske, at æggeskallerne har været bedre beskyttet mod bakte-rier. En æggeskal af Anomalopteryx le-verede 4 af de 6 mikrosatellit-primere.

Hos nulevende dyr forekommer gentagelser i kerne-DNA'et med forskellig hyppighed i sekvenserne – ifølge nogle undersøgelser således i 1,3%, 1,8%, 2,4% og 11,3%. Hos moa-fu-glen så man gennemsnitligt kun gentagelser hos 0,3% af sekvenserne. Det kan skyldes, at gentagelser var sjældne i moa-fuglens DNA (noget tilsvarende er foreslået for andre fugle), men det kan også skyldes, at DNA’et kun indeholdt lidt cellekerne-DNA, eller at der var relativt meget bakterie-DNA. Det kan også være, at tallet 0,3% ikke er det korrekte tal.

For at undgå kryds-forurening (ved at komme til at flytte DNA fra et individ over til prøven fra et andet individ) lod man være med at bruge den ellers almindelige teknik med multi-pipettering under opsætning af PCR-analyserne. Hvert rør med DNA blev åbnet for sig, og pipetteret enkeltvis over i hvert PCR-rør. Man benyttede ikke de velkendte plader med 96-brønde, som giver øget risiko for kryds-forurening. Derved undgik man kryds-forurening.

::

Tegn abonnement på

BioNyt Videnskabens Verden (www.bionyt.dk) er Danmarks ældste populærvidenskabelige tidsskrift for naturvidenskab. Det er det eneste blad af sin art i Danmark, som er helliget international forskning inden for livsvidenskaberne.

Bladet bringer aktuelle, spændende forskningsnyheder inden for biologi, medicin og andre naturvidenskabelige områder som f.eks. klimaændringer, nanoteknologi, partikelfysik, astronomi, seksualitet, biologiske våben, ecstasy, evolutionsbiologi, kloning, fedme, søvnforskning, muligheden for liv på mars, influenzaepidemier, livets opståen osv.

Artiklerne roses for at gøre vanskeligt stof forståeligt, uden at den videnskabelige holdbarhed tabes.